過剰な量の魚が獲られ、十分な資源が残されなくなると、その資源は危機的な状態となります。
過剰漁獲
90年代初期には過剰漁獲の影響がより懸念され、ついに1992年、カナダのグランドバンクス漁場のタラ漁業崩壊により壊滅的な影響が出ました。突如として、400以上の沿岸地域で働く35,000人以上の漁業者や工場労働者が職を失うことになったのです。
このような悲惨な出来事が、MSC（海洋管理協議会）という非営利団体と、MSC漁業認証規格（設立時の名称：持続可能な漁業の原則と規準）が作成される一つの重要な要因となりました。そして今では、MSCは世界的に最も認識されている「持続可能で適切に管理された漁業」のための認証制度となりました。
違法な漁業
違法、無報告、無規制な漁業（IUU漁業）は、管理のための取り決めを守らないため、過剰漁獲の要因となっています。このような漁業は、環境や漁獲量の割り当てに関する厳しい規制をまったく気にせずに、操業を行っています。
IUU漁業により、魚や生態系の持続可能性そしてきちんと漁業を行っている人々の生計が脅かされており、その損失は推定で年間100～235億米ドル（日本円で1兆円から2兆3500億円）にものぼります。
MSCプログラムは、組織的に関与するIUU漁業やすべての漁業の持続可能性に対して悪影響を与えるIUU漁業を、審査に不適合な漁業であると見なし、これらを排除することに繋がっています。
南極海でのメロ漁業は、どのようにIUU漁業が排除されたかを示す非常に良い事例です。IUU漁業が過去長期にわたり蔓延していたため、メロという高級魚の資源減少につながっていました。
しかし今日では全世界の漁獲量の50％を占める6つの主なメロ漁業者の決断力ある行動により、南極海域におけるほぼすべてのIUU漁業が撲滅されました。その結果として、メロ資源にかなりの回復が見られるようになり、また最終的にはこれらの漁業がMSC認証を取得することになりました。
破壊的な漁業
破壊的な漁業には、毒を使った漁業やダイナマイトを用いた漁業などが含まれます。いくつかの国々ではいまも行われていますが、シアン化合物により魚を麻痺させることで、簡単に漁獲することができます。
一方で、ダイナマイトのような爆発物は、魚を瞬時に殺し水面に浮かせることで、網により簡単にすくうことが出来ます。MSCは、シアン化合物や爆発物を使用する漁業を、認証審査の対象外としています。
