MSC認証漁業は、対象とする魚の資源が健全でありかつ生産的であることを示さなければなりません。つまり、どのくらいの量の魚を漁獲し、どのくらいの量の魚を繁殖のために海に残すかのバランスが取れた漁業を行う必要があります。
魚の量が持続可能な水準を下回った場合、認証漁業はその漁獲量を調整することが求められます。それをしない場合には、その漁業の認証は一時停止となります。認証が一時停止となった漁業で獲られた魚は、その魚の資源を回復させるための管理方策が導入されるまで、MSC「海のエコラベル」を付けて製品を販売することができません。
MSCのプログラムが環境や水産市場に与える影響を、MSCは継続的にモニタリングしています。MSCは毎年その結果を年次報告書で発表しています。